La historia de la iglesia es, sin duda, uno de los ámbitos privilegiados por la historiografía colonial contemporánea, que se ha caracterizado por la pluralidad de perspectivas y desenfoques y por el eclecticismo de sus métodos.

A ello han contribuido nuevas generaciones de historiadores con renovadas preguntas y propuestas metodológicas, a lo que habría que agregar los modernos sistemas para la consulta de acervos documentales a través de Internet, así como la apertura de archivos antes inaccesibles a la investigación. De tal forma, a medida que las líneas de investigación se renuevan y el contenido de los acervos documentales se hace más accesible, las problemáticas se enriquecen, dando a conocer nuevos aspectos de la historia eclesiástica