Con la elaboración del Programa de Manejo Integral de la Cuenca del Río Santiago-Guadalajara (PMICSG) buscamos el desarrollo de las actividades productivas, la protección y conservación de los recursos naturales -especialmente el agua- y mejorar la calidad de vida de los habitantes, enmarcado en el desarrollo sustentable de la cuenca, siempre con el objetivo de encontrar un punto de equilibrio entre las actividades productivas, de manejo de agua y del equilibrio ecológico en el ámbito regional de la misma. Cabe mencionar, que la elaboración del PMICSG se realiza para seguir atendiendo, pero ahora de manera integral, la recomendación 1/2009, que con fecha 27 de enero de 2009 emitió la Comisión Estatal de Derechos Humanos de Jalisco (CEDHJ) a diversas autoridades del ámbito federal, estatal y municipal, por los derechos humanos de los pobladores de El Salto y Juanacatlán, de gozar de un ambiente sano y ecológicamente equilibrado. Derivado de los talleres, reuniones de trabajo y de la propia macro-recomendación, se determina que el Polígono de Fragilidad Ambiental de la Cuenca El ahogado (POFA) abarca parcialmente diez municipios y tiene un alcance corto para solucionar de forma integral la problemática socio-ambiental, ya que ésta rebasa el ámbito de la cuenca El Ahogado y se ha extendido a una gran parte de la cuenca río Santiago-Guadalajara, por lo que se requirió estudiar la condición de parte del territorio de 35 municipios que la conforman. Es importante mencionar que el POFA queda territorialmente inmerso en la cuenca del río Santiago-Guadalajara, y que los resultados obtenidos tanto por el Centro de Investigación y Asistencia en Tecnología y Diseño del Estado de Jalisco (CIATEJ) como por la compañía Diagnósticos y Estrategias para el Fortalecimiento de Instituciones, Iniciativas y Proyectos (DEFINE) fueron considerados en la construcción del PMICSG.