Las controversias sobre la legitimidad de la presencia castellana en las Indias dieron lugar a múltiples opiniones y cambios en las leyes de conquista y ocupación. Si bien las polémicas no llegaron a poner en peligro esa presencia en Indias, si obligaron a replantear múltiples ideas y creencias medievales. Se discutieron temas como el poder temporal del papa, la soberanía de los reyes castellanos en Indias, la condición humana y la capacidad de los indios, la guerra justa, el derecho a comunicarse y a comerciar con ellos y con todos en general.

El Tercer Concilio Provincial Mexicano de 1585.
El canonista Pedro Murillo Velarde y Bravo.
Fray Alonso de la Vera Cruz.
Juan Francisco de Montemayor y Córdoba de Cuenca.
Fray Juan de Paz y la justicia de la guerra en Filipinas.